radonina, depende de lo que quieras hacer en cada momento, si lo que quieres es hacer aplicaciones de escritorio en java, al crear el propio proyecto te la opcion de crearte entre otras, una "Java Application" o "Java Class Library" , que no se si es a lo que te refieres. Si escoges Java Application al iniciar el nuevo proyecto no tienes necesidad de implementar tu mismo el metodo principal, java te lo pone todo. De hecho te crea la clase principal que va a ejecutarse como Main, sin tener que ir andando a propiedades y cambiar la clase que va a ejecutarse. Por lo tanto, te recomiendo que empieces de esa forma.
Las clases java, que estas preguntando, por el contrario son "librerias" con objetos que se comunican entre ellas, con otras clases java y con el "main". Cuando por ejemplo creas un programa que se llama "Juego de dados", el main contendra una clase, por ejemplo que se llama "tipo de dados", entonces en esa clase es donde tu defines que tipos de dados, cuantos son...todo lo que quieras. Es decir, todo lo que son calculos y programacion externa al programa principal, han de realizarse en las clases java. Es como construir un coche, para hacerlo necesitas la clase ruedas, donde dentro especificas como es, el grosor, la llanta...la clase puerta, la clase motor....y despues necesitas al mecanico para que te lo monte No se si me explico con claridad. Es complicado a traves de un foro
En cualquier caso, te recomiendo tanto a ti como a los demas users que han pedido un manual de java, que usen el manual de Bruce Eckel "Piensa en Java", porque de momento es lo mejorcito que se ha escrito.
Si tienes mas dudas, ya sabes xd
Me edito: Si vas a ponerte este verano a saco, no vayas saltando de un lenguaje a otro para aprenderlos todos. Todos los lenguajes de programacion se escriben igual, lo unico que te hace falta saber es de que forma hay que hacerlo, porque cada lenguaje tiene su propia forma, pero las estructuras son las mismas. Ponte con java, como te han dicho, aprendelo bien porque si aprendes uno bien, los demas son pan comido.